按照《水利部关于印发河湖管理监督检查办法（试行）的通知》《2020年云南省全面推行河（湖）长制工作要点》（云南省总河长令第6号）等有关精神，要求协调上下游、左右岸，对跨行政区域的河湖明晰管理责任，强化跨界河湖管理保护，构建责任明确、协调有序、监管严格、保护有力的跨界河湖联防联控联治机制。省河长制办公室积极主动对接周边省（区），沟通交流，共同开展工作协调联动机制。
一是云南与四川。两省间的长江（金沙江）部分干流为左右岸界河共长778.51千米，涉及迪庆州、丽江市、楚雄州、昆明市、昭通市5段。两省河长制办公室会同省级河长联系部门（云南省水利厅、四川省农业农村厅）起草了工作协调联动协议，两省分别征求了有关州（市）人民政府、省级有关部门意见后，报请两省省级河长审核同意并于近期签署了《四川省云南省共同推进长江（金沙江）管理保护治理工作协调联动协议》。协议明确了基本情况、总体目标、基本原则、工作措施、保障措施等。2020年7月，副省长、长江省级河长和良辉带领两省省级河长联系部门、两省河长制办公室到迪庆段、甘孜段巡河巡查并召开了河长专题会议。2020年4月印发了《云南省河长制办公室四川省河长制办公室关于印发2020年川滇共同推进长江（金沙江）管理保护治理工作清单的通知》；6月底至7初，两省河长制办公室会同两省省级河长联系部门开展了长江（金沙江）两省接壤的昭通段、宜宾段、昆明段、凉山段巡河巡查，并分别向本省省级河长报送了长江（金沙江）巡河巡查报告。
二是云南与西藏。两省（区）长江、澜沧江、怒江、伊洛瓦底江的上下游交界，涉及迪庆州、怒江州。两省（区）经分别征求省级有关部门、有关州（市）意见，由两省（区）河长制办公室于2020年3月签订了《跨界河流联防联控联治合作协议》。2020年4月，两省（区）河长制办公室开展了巡河巡查。滇藏跨界河流联防联控联治合作事项得到了水利部河长制湖长制工作领导小组办公室《河长制湖长制工作简报》的刊登。
三是云南与贵州。两省主要以长江、珠江、牛栏江的支流交界，涉及昭通市、曲靖市。两省河长制办公室于2020年3月签订了《滇黔跨界河湖联防联控联治合作协议》。近期，将联合贵州开展巡河巡查工作。
四是云南与广西。两省（区）主要以珠江、红河的支流交界，涉及曲靖市、文山州。两省河长制办公室于2020年3月签订了《滇桂跨界河湖联防联控联治合作协议》。近期，将联合广西开展巡河巡查工作。